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1938年陈隐冀调任参事，陈东生任司长：1937年9月增设机械、兵器2个科：制造司。司长杨继曾。技术司，司长仍由俞大维兼任。
军需署署长周骏彦，所属各司基本没有变化。
军医署1937年9月由军医司扩大而成，司长原为梅贻琳，扩大为署后于1938年7月任命胡兰生为署长,下设3个处及1个视察室，以下分科办事：第一处分人事、经理、事务3个科及会计室：第二处分医务、伤病处理、材料3个科；第三处分教
育、卫生2个科及统计室。1937年9月张建调任军医学校教育长，胡兰生接任署长。
会计处1937年10月设立军政部武昌办事处，1938年冬，又在桂林设立分处，均受会计长指挥：军事委员会计政室于1938年6月归并于会计处，定名为军政部会计处军事计政设计委员会，内分岁计、会计、审核、统计各组，每组设组长1人，办理关于规划、改进军事计政业务：会计长仍为陈良.
该部所属总务厅、马政司等人事、职掌仍旧：
三、军令部
1938年初，gmd国防最高会议常务委员会第四十三次会议决定，将原大本营所设第一部与国民政府参谋本部合并组成为军令部。该部于2月1日正式成立，直隶军事委员会，掌国防建设、地方绥靖及陆海空军之动员作战；后方勤务之筹划运用；情报及国际政情之搜集整理；参谋人员、陆军大学、测量总局及驻外武官之统辖与运用等事项：以徐永昌为部长，熊斌、杨杰为次长.军令部下设总务及第一、第二3个厅：第一厅掌关于国防作战事宜，辖4个处12个科；第二厅掌关于情报与派遣驻外武官及外国武官接待等事宜，辖4个处12个科及技术室、侦查电台；总务厅掌关于参谋人事教育及总务章则等事宜,辖3个处6个科。每厅设厅长、副厅长各1人。1938年3月28日任命刘斐为第一厅厅长，徐培根为第二厅厅长，陈焯为总务厅厅长。另外设有部属幕僚,由主任高级参谋、主任秘书及高级副官分别主管各有关业务，即高级参谋掌不属于各厅的机要及审核章则等事宜，部成立之后，任命张华甫为主任高级参谋，张元祜、刘云乾、杨宣诚等18人为特级高级参谋；主任秘书掌拟各种文牍及部分会报等事宜；高级副官掌接待中外来宾及传达重要命令等事宜.旋因人事、经费无着，仍于2月间先后呈准设将级高级参谋18人，校级参谋40人.6月该部呈奉核定顾问3人，附员80人.
根据军令部组织法，该部下辖工兵指挥部、炮兵指挥部、通讯兵指挥部、战史编纂委员会，通讯总所、技术室、各省测量局、各种测量队、陆军大学暨参谋班、中央陆地测量学校暨分校、边务研究所、重庆核心阵地参谋团、特种兵器实验组、通讯人员训练班、谍报参谋训练班等。工兵指挥部掌一般工兵的使用计划与作战指导，独立工兵的指挥；工兵部队的编组、整补、训练、考核：工兵技术的设计改进；预备阵地的侦察、永久工事位置的算勘及作业指导等事宜.炮兵指挥部掌各战区有关炮兵的使用计划及考核各炮兵部队的战斗指挥、整补、训练等事宜.通讯兵指挥部掌一切通讯兵使用的计划与指导；通讯兵的调查分派；研究关于通讯兵的使用对策及技术设计等事宜.战史编纂委员会掌战史的编纂及编译事宜。各省测量局掌各省测量及其行政事宜：各种测量队掌测量事宜.陆军大学掌高等军事教育,中央测量学校掌测量教育：边务研究所掌边务教育。重庆核心阵地参谋团掌重庆核心工事的规划并监督其实施事宜。特种兵器实验组掌水雷及江湖阻塞兵器的研究事宜。通讯人员训练班掌情报通讯教育。谍报参谋训练班掌谍报参谋教育。
四、军训部
1938年1月军事委员会对所属进行改组．将国民政府训练总监部改为军训部。2月16日任命白崇禧为部长。3月1日任命刘土毅、陈继承为次长。7月16日陈继承调任中央军校教育长．调黄琪翔接任次长该部掌全国陆军训练、整理、校阅；军事学校教育建设改进；国民兵教育规划、校阅.
成立后的军训部下辖机构大致同原训练总监部。设有参事室，掌理关于法令章制之撰拟及交办事项，1938年2月任命徐
国镇为主任参事，另有若干名参事；秘书室，掌机要电文撰拟及交办事项；总务厅，下辖3个科及医务、印刷所．掌理该部日常事务，厅长以参事室主任徐国镇兼任；步兵监．1938年2月以阮肇昌任之，该监下设3个科，掌理步兵军队、院校教育、校阅及本兵科科典范令、参考书编订和编制装备研究事项；骑兵监，1938年2月以门炳岳任之，该监下设2个科，掌理骑兵部队、军校的教育、校阅和骑兵的科典范令参考书的编订、修正审查以及骑兵编制装备、军马繁殖与调养等事项；炮兵监，1938年2月以刘翰东任之，该监下设有办公室、3个科和1个视察组，掌理炮兵教育、人事考核和炮兵的建设整理，以及校阅、游动教育事项；工兵监，1938年2月以林伯森任之.该监下设2个科，掌关于工兵(包括铁道队)教育指导、校阅视察及院校教育、建设事项和关于工兵编制装备、技术器材研究、科典范令修订等事项；辎重监，1938年2月以毛福成任之，该监下设2个科，掌理本兵科科典范令参考书编订、编制装备、运输工具研究和部队(包括铁道船舶运输)教育规划、校阅视察及所属军校教育计划指导建设事项；通信兵监，1938年3月以华振麟任之，该监下设2个科，掌本兵科学校教育规划指导，科典范令、参考书修订和本兵科部队教育指导、校阅视察及编制装备技术器材之研究等事项；机械兵监，1938年3月以徐庭瑶任之，该监下设3个科，掌机械化部队、学校教育规划、校阅视察、建设改进事项和本兵科科典范令、参考书编订修正审查事项以及部队器材装备研究改善、军用车辆检查事项；国民教育处，1938年2月以杜心如为处长，该处下设两科，掌教育计划及教材编订事项和校阅统计、人事考核事项；军事编辑处，1938年2月以杨言昌为处长，掌军事参考图书编辑、翻译审核及搜集保管事项。
五、军事参议院
1938年1月17日为适应抗战的需要，军事参议院由直隶于国民政府改为隶隶于军事委员会，为军事研究及建议机关.
军事参议院院长为陈调元，根据1938年1月17日修正之军事委员会组织大纲，院长为军事委员会当然委员；副院长王树常.1938年2月1日又任命张钫为副院长。军事参议院下分军事、总务2个厅，军事厅厅长为周维寅、总务厅厅长为厉尔康.
六、军法执行总监部
1937年7月抗日战争爆发，9月8日军事委员会为整肃军纪，组建军法执行总监部，特派唐生智为总监；9月16日派谷正伦、王懋功为副监。
军法执行总监部，掌理军队纪律之维持与军法执行事务.该部下分总务、审判和督察3个组：总务组，掌理该部文电收发．承办文书典守印信、编审预算及经费出纳并庶务和官兵升降开补功过、赏罚请假旷职等各项事项。审判组，并军政部军法司而成立，掌军人犯罪案件审核事项；非军人犯汉奸、烟毒、盗匪、贪污及其他法令应归军法审判案件之审理、审核事项；关于军法法规审查事项；关于解答法律疑问事项；关于军事犯处理事项；关于该组禁闭人犯收管、戒护卫生登记、接见检查书籍信件各事项；关于军法行政事项。督察组，掌前后方文武机关人员违反军事法令之事项；关于考察各级司令部军法处有无枉纵事项；关于消查各地汉奸活动加以制裁事项；关于考察军情战况、交通运输、防空警卫、救护卫生及民众组织训练各事项.
1938年2月9日免唐生智总监职，以鹿钟麟任之.是年6月14日鹿钟麟他调，以何成浚任总监。1940年12月秦德纯代理副监，1942年10月实任。1941年1月免去谷正伦副监职，贺国光继任副监。
七、政治部
1938年1月将原大本营第六部、军事委员会政训处、训练总监部政训处合并成立为政治部；1月任命陈诚为部长，2月正式成立。同时任命周恩来、黄琪翔为副部长，是年7月黄琪翔调任军训部副部长，张厉生接任副部长。
政治部设有秘书长，1938年1月以张厉生任之；7月张他调，遗缺由第一厅厅长贺衷寒兼任。总务厅，朱代杰任厅长，掌经理人员训练、考核调查登记和经费预算等事项.第—厅,1938年1月任命贺衷寒为厅长,下设3个科和人事行政研究会．掌法规方案编审、政工人员任免铨叙事项，关于干部选拔、通信联络及人事登记事项，关于全部政工人员考绩考核、奖惩抚恤事项，关于人事行政研究事项；第二厅，1938年2月任命康泽为厅长，下设3个科和训练研究会，掌关于训练和政工方面设计事项，关于训练方面指导与考核事项，关于训练方面编审事项，关于训练方面的研究事项等；第三厅，1938年2月任命郭沫若为厅长，下设3个科，其中第二科设美术工厂和国际问题研究委员会、艺术问题研究委员会等，掌关于各种宣传之设计指导事项，关于对国内国外及敌伪各种宣传品之编审事项，关于慰劳征募、印刷发行、设计考核及文化服务事项，关于敌情及国际问题研究事项，关于戏剧、电影、音乐、歌咏、绘画等研究事项，其中第二科美术工厂，掌关于国际宣传画报编辑、木刻制作及有关抗战建国之照片摄影搜集事项。
八、军事委员会委员长侍从室
抗日战争开始后不久，军事委员会委员长侍从室随国民政府由南京撤迁武汉。1938年夏在武汉会战前夕，又由武汉撤至重庆.
侍从室的组织,除原已成立的各处、组外，1938年在武汉又成立了第六组，隶属第二处，同时也受第一处领导，综理一切特工组织的情报业务，派唐纵任组长。
侍从室第一处，主任钱大钧。钱于1938年3月调任航空委员会主任，林蔚接任主任。同时，陈希曾接莫我若任第一组组长。兼侍卫长钱大钧调离后，侍卫长一职空缺，王世和接陈善周任第三组组长，并代理副侍卫长。
1938年陈隐冀调任参事，陈东生任司长：1937年9月增设机械、兵器2个科：制造司。司长杨继曾。技术司，司长仍由俞大维兼任。
军需署署长周骏彦，所属各司基本没有变化。
军医署1937年9月由军医司扩大而成，司长原为梅贻琳，扩大为署后于1938年7月任命胡兰生为署长,下设3个处及1个视察室，以下分科办事：第一处分人事、经理、事务3个科及会计室：第二处分医务、伤病处理、材料3个科；第三处分教
育、卫生2个科及统计室。1937年9月张建调任军医学校教育长，胡兰生接任署长。
会计处1937年10月设立军政部武昌办事处，1938年冬，又在桂林设立分处，均受会计长指挥：军事委员会计政室于1938年6月归并于会计处，定名为军政部会计处军事计政设计委员会，内分岁计、会计、审核、统计各组，每组设组长1人，办理关于规划、改进军事计政业务：会计长仍为陈良.
该部所属总务厅、马政司等人事、职掌仍旧：
三、军令部
1938年初，gmd国防最高会议常务委员会第四十三次会议决定，将原大本营所设第一部与国民政府参谋本部合并组成为军令部。该部于2月1日正式成立，直隶军事委员会，掌国防建设、地方绥靖及陆海空军之动员作战；后方勤务之筹划运用；情报及国际政情之搜集整理；参谋人员、陆军大学、测量总局及驻外武官之统辖与运用等事项：以徐永昌为部长，熊斌、杨杰为次长.军令部下设总务及第一、第二3个厅：第一厅掌关于国防作战事宜，辖4个处12个科；第二厅掌关于情报与派遣驻外武官及外国武官接待等事宜，辖4个处12个科及技术室、侦查电台；总务厅掌关于参谋人事教育及总务章则等事宜,辖3个处6个科。每厅设厅长、副厅长各1人。1938年3月28日任命刘斐为第一厅厅长，徐培根为第二厅厅长，陈焯为总务厅厅长。另外设有部属幕僚,由主任高级参谋、主任秘书及高级副官分别主管各有关业务，即高级参谋掌不属于各厅的机要及审核章则等事宜，部成立之后，任命张华甫为主任高级参谋，张元祜、刘云乾、杨宣诚等18人为特级高级参谋；主任秘书掌拟各种文牍及部分会报等事宜；高级副官掌接待中外来宾及传达重要命令等事宜.旋因人事、经费无着，仍于2月间先后呈准设将级高级参谋18人，校级参谋40人.6月该部呈奉核定顾问3人，附员80人.
根据军令部组织法，该部下辖工兵指挥部、炮兵指挥部、通讯兵指挥部、战史编纂委员会，通讯总所、技术室、各省测量局、各种测量队、陆军大学暨参谋班、中央陆地测量学校暨分校、边务研究所、重庆核心阵地参谋团、特种兵器实验组、通讯人员训练班、谍报参谋训练班等。工兵指挥部掌一般工兵的使用计划与作战指导，独立工兵的指挥；工兵部队的编组、整补、训练、考核：工兵技术的设计改进；预备阵地的侦察、永久工事位置的算勘及作业指导等事宜.炮兵指挥部掌各战区有关炮兵的使用计划及考核各炮兵部队的战斗指挥、整补、训练等事宜.通讯兵指挥部掌一切通讯兵使用的计划与指导；通讯兵的调查分派；研究关于通讯兵的使用对策及技术设计等事宜.战史编纂委员会掌战史的编纂及编译事宜。各省测量局掌各省测量及其行政事宜：各种测量队掌测量事宜.陆军大学掌高等军事教育,中央测量学校掌测量教育：边务研究所掌边务教育。重庆核心阵地参谋团掌重庆核心工事的规划并监督其实施事宜。特种兵器实验组掌水雷及江湖阻塞兵器的研究事宜。通讯人员训练班掌情报通讯教育。谍报参谋训练班掌谍报参谋教育。
四、军训部
1938年1月军事委员会对所属进行改组．将国民政府训练总监部改为军训部。2月16日任命白崇禧为部长。3月1日任命刘土毅、陈继承为次长。7月16日陈继承调任中央军校教育长．调黄琪翔接任次长该部掌全国陆军训练、整理、校阅；军事学校教育建设改进；国民兵教育规划、校阅.
成立后的军训部下辖机构大致同原训练总监部。设有参事室，掌理关于法令章制之撰拟及交办事项，1938年2月任命徐
国镇为主任参事，另有若干名参事；秘书室，掌机要电文撰拟及交办事项；总务厅，下辖3个科及医务、印刷所．掌理该部日常事务，厅长以参事室主任徐国镇兼任；步兵监．1938年2月以阮肇昌任之，该监下设3个科，掌理步兵军队、院校教育、校阅及本兵科科典范令、参考书编订和编制装备研究事项；骑兵监，1938年2月以门炳岳任之，该监下设2个科，掌理骑兵部队、军校的教育、校阅和骑兵的科典范令参考书的编订、修正审查以及骑兵编制装备、军马繁殖与调养等事项；炮兵监，1938年2月以刘翰东任之，该监下设有办公室、3个科和1个视察组，掌理炮兵教育、人事考核和炮兵的建设整理，以及校阅、游动教育事项；工兵监，1938年2月以林伯森任之.该监下设2个科，掌关于工兵(包括铁道队)教育指导、校阅视察及院校教育、建设事项和关于工兵编制装备、技术器材研究、科典范令修订等事项；辎重监，1938年2月以毛福成任之，该监下设2个科，掌理本兵科科典范令参考书编订、编制装备、运输工具研究和部队(包括铁道船舶运输)教育规划、校阅视察及所属军校教育计划指导建设事项；通信兵监，1938年3月以华振麟任之，该监下设2个科，掌本兵科学校教育规划指导，科典范令、参考书修订和本兵科部队教育指导、校阅视察及编制装备技术器材之研究等事项；机械兵监，1938年3月以徐庭瑶任之，该监下设3个科，掌机械化部队、学校教育规划、校阅视察、建设改进事项和本兵科科典范令、参考书编订修正审查事项以及部队器材装备研究改善、军用车辆检查事项；国民教育处，1938年2月以杜心如为处长，该处下设两科，掌教育计划及教材编订事项和校阅统计、人事考核事项；军事编辑处，1938年2月以杨言昌为处长，掌军事参考图书编辑、翻译审核及搜集保管事项。
五、军事参议院
1938年1月17日为适应抗战的需要，军事参议院由直隶于国民政府改为隶隶于军事委员会，为军事研究及建议机关.
军事参议院院长为陈调元，根据1938年1月17日修正之军事委员会组织大纲，院长为军事委员会当然委员；副院长王树常.1938年2月1日又任命张钫为副院长。军事参议院下分军事、总务2个厅，军事厅厅长为周维寅、总务厅厅长为厉尔康.
六、军法执行总监部
1937年7月抗日战争爆发，9月8日军事委员会为整肃军纪，组建军法执行总监部，特派唐生智为总监；9月16日派谷正伦、王懋功为副监。
军法执行总监部，掌理军队纪律之维持与军法执行事务.该部下分总务、审判和督察3个组：总务组，掌理该部文电收发．承办文书典守印信、编审预算及经费出纳并庶务和官兵升降开补功过、赏罚请假旷职等各项事项。审判组，并军政部军法司而成立，掌军人犯罪案件审核事项；非军人犯汉奸、烟毒、盗匪、贪污及其他法令应归军法审判案件之审理、审核事项；关于军法法规审查事项；关于解答法律疑问事项；关于军事犯处理事项；关于该组禁闭人犯收管、戒护卫生登记、接见检查书籍信件各事项；关于军法行政事项。督察组，掌前后方文武机关人员违反军事法令之事项；关于考察各级司令部军法处有无枉纵事项；关于消查各地汉奸活动加以制裁事项；关于考察军情战况、交通运输、防空警卫、救护卫生及民众组织训练各事项.
1938年2月9日免唐生智总监职，以鹿钟麟任之.是年6月14日鹿钟麟他调，以何成浚任总监。1940年12月秦德纯代理副监，1942年10月实任。1941年1月免去谷正伦副监职，贺国光继任副监。
七、政治部
1938年1月将原大本营第六部、军事委员会政训处、训练总监部政训处合并成立为政治部；1月任命陈诚为部长，2月正式成立。同时任命周恩来、黄琪翔为副部长，是年7月黄琪翔调任军训部副部长，张厉生接任副部长。
政治部设有秘书长，1938年1月以张厉生任之；7月张他调，遗缺由第一厅厅长贺衷寒兼任。总务厅，朱代杰任厅长，掌经理人员训练、考核调查登记和经费预算等事项.第—厅,1938年1月任命贺衷寒为厅长,下设3个科和人事行政研究会．掌法规方案编审、政工人员任免铨叙事项，关于干部选拔、通信联络及人事登记事项，关于全部政工人员考绩考核、奖惩抚恤事项，关于人事行政研究事项；第二厅，1938年2月任命康泽为厅长，下设3个科和训练研究会，掌关于训练和政工方面设计事项，关于训练方面指导与考核事项，关于训练方面编审事项，关于训练方面的研究事项等；第三厅，1938年2月任命郭沫若为厅长，下设3个科，其中第二科设美术工厂和国际问题研究委员会、艺术问题研究委员会等，掌关于各种宣传之设计指导事项，关于对国内国外及敌伪各种宣传品之编审事项，关于慰劳征募、印刷发行、设计考核及文化服务事项，关于敌情及国际问题研究事项，关于戏剧、电影、音乐、歌咏、绘画等研究事项，其中第二科美术工厂，掌关于国际宣传画报编辑、木刻制作及有关抗战建国之照片摄影搜集事项。
八、军事委员会委员长侍从室
抗日战争开始后不久，军事委员会委员长侍从室随国民政府由南京撤迁武汉。1938年夏在武汉会战前夕，又由武汉撤至重庆.
侍从室的组织,除原已成立的各处、组外，1938年在武汉又成立了第六组，隶属第二处，同时也受第一处领导，综理一切特工组织的情报业务，派唐纵任组长。
侍从室第一处，主任钱大钧。钱于1938年3月调任航空委员会主任，林蔚接任主任。同时，陈希曾接莫我若任第一组组长。兼侍卫长钱大钧调离后，侍卫长一职空缺，王世和接陈善周任第三组组长，并代理副侍卫长。